تأسست مكتبة الإمام الباقر (ع) العامة في مدينة الناصرية سنة 1954 م وكان موقعها في القاعة الصغيرة المجاورة لجامع المغفور له الشيخ عباس الخويبراوي التابعة لمدرسة العلوم الدينية وفي بداية تأسيسها كانت تحوي كتب مكتبة المرحوم الشيخ عباس الخاصة اذ اوقفها سماحته لخدمة طلاب العلم والمعرفة فكانت هذه المكتبة الخاصة نواة لمكتبة الامام الباقر (ع) العامة وبجهود حثيثة من سماحة آية الله المجاهد الشيخ محمد باقر الناصري توسعة وتضاعفت خزانة المكتبة بانواع الكتب التي تضم كثيرا من  اصناف المعرفة اضافة الى النسخ  النادرة من المخطوطات والمصادر واخذت هذه المكتبة تعطي ثمارها وتزدحم بروادها حتى ضاق بهم المكان ففكر سماحة الشيخ الناصري حفظه الله بتوسعة المكتبة من خلال ضم  قطعة ارض مجاورة لها وتابعة لعائلة مسيحية تسمى عائلة ( الخواجا ) وقد تبرعت هذه العائلة بقطعة الارض لهذا الصرح الثقافي وبجهود مباركة من  الوجيه المرحوم الحاج مزهر النجم من اهالي الشطرة حيث كان وكيلا لهذه العائلة على املاكها تم توسعة البناية وتجديدها عام 1969 م واصبحت مركزا ثقافيا يزخر بالعطاء لأبناء المدينة من خلال عقد الندوات والدورات الخاصة بعلوم القران والفقه والعقائد والادب ودّرس بها جمع من الاساتذة منهم السيد قاسم السيد هجر والشيخ محمد حسن عليوي والمرحوم الحاج حسين الخياط والأستاذ كاصدياسر الزيدي والأستاذ عبد الوهاب الامام وتربى في أروقتها الكثير من طلاب المعرفة والذين اصبح لهم دور في تثقيف الامة وتوجيهها كالمرحوم عبد الغني شكر ألشمري والحاج شهاب خيون وغيرهم وفي أواسط السبعينات بلغت ذروة ازدهارها فقد احتوت خزانتها على خمسة عشر الف  كتاب تضم كل صنوف المعرفة وفي عام 1979م تنبه النظام المقبور لدور هذا الصرح وبعد هجرة سماحة الشيخ الناصري قام ازلام النظام بالاستيلاء على الكثير من نفائسها وكتبها القيمة فكانت سيارة الأمن والحزب المقبور تأتي لنقل كميات كبيرة من كتبها ومن اهم ما سرق منها على أيديهم مخطوطات قرآنية نفيسة جاء بها الشيخ الناصري من تركيا وبذلك الفعل المنافي لتطوير المجتمع فقد حرمت المدينة من هذا الصرح الثقافي وبعد سقوط النظام المقبور في نيسان 2003 م وبزوغ فجر الحرية بدأت عمليه شاملة لتأهيل المكتبة واصلاح ما افسده المفسدون تشكلت لجنة من مجموعة من الاساتذة من ابناء المدينة وتم تصنيف المصادر والمراجع وما تبقى من المخطوطات والدوريات واضيفت لها مجموعة كبيرة من الكتب والدوريات التي رفدت المكتبة من سماحة الشيخ محمد باقر الناصري وبذلك ارتدت حلة جديدة وبدأت تستقبل روادها وتأخذ مكانها في المحافظة واصبحت ملتقى لطلبة العلوم الدينية وطلبة الجامعات والطلبة الذين يعدون لدراسة الماجستير والدكتوراه فيجدون مبتغاهم فيها ومن الجدير بالذكر تعاقب مجموعة خيره من الأفاضل على أمانة وإدارة المكتبة منهم الشهيد والأستاذ الحاج جبار محمود الحمود والمرحوم الاستاذ محمد حسين الشيخ عباس الخويبراوي وغيرهم وألان مكتبة الامام الباقر (ع) تسعى الى التواصل الفعال مع المؤسسات الاكاديمية والتعليمية العراقية من اجل رفدها بالمصادر والمراجع والاصدارات الحديثة وكل ما  يرفع من مكانة هذا الصرح الشامخ وسط مدينة المجاهدين .